מינהל ההנדסה מורכב מחמישה אגפים: אגף תכנון ועיצוב , אגף רישוי ופיקוח על הבניה, אגף תב”ע והשבחה, אגף תאום ותכנון תשתיות ואגף מבני ציבור.
המינהל עוסק בתחומים רבים, ביניהם תכנון הכפר מתכניות מפורטות נקודתיות ועד לתכניות נושאיות ותכנית מתאר לכפר.
תהליכי רישוי בניה החל ממסירת מידע לצורך תכנון דרך הנחייה וליווי התכנון, ועד לטיפול בהיתרי בניה ואישורים לגמר בניה.
המינהל באמצעות אגף הרישוי ופיקוח על הבניה, עוסק גם באכיפת חוקי הבניה ואישורים לטאבו.
מינהל הנדסה מאגד בתוכו תחומי עיסוק מגוונים כמו הנדסת בנין, אדריכלות ותכנון ערים, הנדסת תשתיות, תכנון גנים ונוף, איכות סביבה, חוק ומשפט ומחשוב.
המינהל הוא אחד ממקורות ההכנסה החשובים ביותר של המועצה בעיקר מתכניות הפיתוח של הכפר, המאפשרות גביה של היטלי פיתוח והשבחה, הכנסות ממשרדי ממשלה ומחויבות ציבורית.
